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全院下設作物育種栽培研究所、林木果樹研究所、設施園藝研究所、食用菌研究所、畜牧獸醫研究所、生態環境保護研究所、農業科技信息研究所(數字農業工程與技術研究中心)、生物技術研究所、農產品質量標準與檢測技術研究所、上海市農業生物基因中心等10個研究機構, 1個綜合服務中心和1個綜合試驗站。擁有17個國家級和部級科技創新平台和成果轉化平台,8個市級科技平台。